สถาบันเอเชียศึกษา ดำเนินงานวิจัยทั้งในระดับประเทศ ภูมิภาคและประเด็นศึกษาภายใต้ ศูนย์และโครงการ ได้แก่ ศูนย์วิจัยการย้ายถิ่นแห่งเอเชีย ศูนย์จีนศึกษา ศูนย์แม่โขงศึกษา ศูนย์มุสลิมศึกษา และโครงการญี่ปุ่นศึกษา โดยศูนย์วิจัยการย้ายถิ่นแห่งเอเชีย ศูนย์แม่โขงศึกษา และศูนย์มุสลิมศึกษาได้รับการสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยให้เป็นศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทาง ศูนย์วิจัยมีคณะกรรมการบริหารศูนย์ เป็นผู้กำหนดแนวทางการดำเนินงานตามนโยบายทิศทางและยุทธศาสตร์สถาบันฯซึ่งสอดคล้องกับความต้องการของประเทศ และสภาพสังคมโลก นอกจากนั้นสถาบันฯยังมีฝ่ายวิจัยทำหน้าที่ให้ความสนับสนุนและเสริมความแข็งแกร่งของศูนย์วิจัยและนักวิจัยในรูปแบบต่างๆ อาทิ การให้ทุนส่งเสริมการพัฒนาโครงการวิจัยแก่นักวิจัยรุ่นใหม่ การสนับสนุนให้นักวิจัยไปประชุมและ เสนอผลงานทั้งในประเทศและต่างประเทศ เป็นต้น โดยมีที่ประชุมนักวิจัยเป็นศูนย์กลางการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารซึ่งกันและกัน

สถาบันเอเชียศึกษา ดำเนินงานด้านบริการวิชาการแก่สังคม ในรูปแบบต่างๆโดยสถาบันฯและศูนย์วิจัย ได้ร่วมกันทำหน้าที่ให้บริการวิชาการตามความเชี่ยวชาญของศูนย์ทั้งในระดับชาติและนานาชาติ เช่น การประชุม อภิปราย สัมมนาเสวนาวิชาการ บรรยาย การให้สัมภาษณ์สื่อต่างๆ การจัดทำวารสาร สิ่งพิมพ์วิชาการ เพื่อเผยแพร่ผลงานวิจัย-วิชาการ องค์ความรู้ ตลอดจนประเด็นที่เป็นความสนใจเพื่อเสนอทางออกและเป็นที่พึ่งของสังคมพร้อมทั้งจัดทำสรุปเนื้อหาสาระของงานเผยแพร่ในเว็บไซด์ http://www.ias.chula.ac.th สถาบันเอเชียศึกษาดำเนินงานบริการวิชาการภายใต้หลักคิดที่ว่า “เมื่อเอเชียมีปัญหา สถาบันเอเชียศึกษามีคำตอบ”

สถาบันเอเชียศึกษา มีส่วนร่วมในการผลิตบัณฑิต ระดับมหาบัณฑิต 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิตสาขาพัฒนามนุษย์และสังคม และ หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ศึกษา (หลักสูตรนานาชาติ) ซึ่งทำให้นักวิจัยของสถาบันฯ ได้นำความรู้และประสบการณ์วิจัยไปใช้ประโยชน์ในกระบวนการเรียนการสอนเพิ่มขึ้น นอกจากนี้ นักวิจัยสถาบันฯยังได้รับเชิญเป็นกรรมการวิชาชีพ เป็นวิทยากรให้ความรู้ แก่สถาบันการศึกษา หน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชน