สถาบันเอเชียศึกษา ได้ดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาได้พัฒนาระบบประกันคุณภาพ ตามมาตรฐานประกันคุณภาพของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย CU-QA 84.2 มาตั้งแต่ปี 2544 โดยได้พัฒนาระบบและกลไกการประกันคุณภาพให้ครอบคลุมภารกิจหลักของสถาบันฯ ด้านการวิจัย บริการวิชาการ และบริหาร ต่อมาตั้งแต่ปีการศึกษา 2551 ได้รับการตรวจประเมินคุณภาพจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา อันเป็นแนวปฏิบัติในการกำกับและพัฒนาคุณภาพการจัดการศึกษาที่สอดคล้องกับแผนพัฒนาอุดมศึกษาระยะยาว

การประกันคุณภาพและการบริหารความเสี่ยงของสถาบันเอเชียศึกษา ได้ดำเนินงานภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการบริหารกิจการสถาบัน ที่มีผู้อำนวยการสถาบันฯ เป็นประธานคณะกรรมการ โดยมีรองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารเป็น QMR รองผู้อำนวยการฝ่ายวิจัย และรองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ เป็นผู้ดูแลรับผิดชอบการประกันคุณภาพในแต่ละองค์ประกอบที่เกี่ยวข้อง และได้พัฒนาระบบตามข้อเสนอแนะของคณะกรรมการตรวจประเมินตลอดมา โดยมีผลการประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน ตั้งแต่ปีการ 2551 สรุปได้ดังนี้